Die Weiterbildung dauert in der Regel drei Jahre. Während dieser Zeit ist die Teilnahme an insgesamt 120 Seminarstunden zu bestimmten Themengebieten vorgeschrieben. Die Weiterbildung endet mit einer Prüfung, nach deren Bestehen die Apotheker*in die Bezeichnung Fachapotheker*in für das absolvierte Gebiet führen darf.

Die Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Allgemeinphar­mazie vermittelt strukturiert praxis­relevantes Wissen, um die Patient*innen und Kund*innen in der Apotheke kompetent beraten und arzneimittel­bezogene Probleme erkennen und lösen zu können. Indikationsbezogene Seminare, Pharmazeutische Betreuung und das Training der kom­munikativen Fähigkeiten sind daher Schwerpunkte der Weiterbildung.

Bei einer Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Klinische Pharmazie werden besondere Kenntnisse für den wirksamen, sicheren und wirtschaftlichen Einsatz der Arzneimittel im Krankenhaus erworben. Dazu gehört vertieftes Wissen zum Beschaffungsmanagement, zur Arzneimittelherstellung, -prüfung und -information, aber auch zu patientenbezoge­nen klinisch-pharmazeutischen Dienst­leistungen und zu Maßnahmen für eine optimale Arzneimitteltherapie.

Die Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Pharma­zeutische Technologie spezialisiert dafür, einen Arzneistoff in eine therapeutisch anwendbare Arzneiform zu überführen und dabei eine optimale Wirksamkeit, Verträglichkeit und Sta­bilität zu gewährleisten. Das entsprechende Know-how, um un­terschiedliche Herstellungstechniken zu entwickeln und anzuwenden sowie geeignete Hilfsstoffe und Packmittel auszuwählen, wird hier vertieft.

Die Entwicklung, Validierung und Anwendung analytischer Verfahren ist die Domäne der Apotheker*innen, die eine Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Phar­mazeutische Analytik absolvieren. Diese Verfahren sind notwendig, um die pharmazeutische Qualität von Wirk- und Hilfsstoffen, Ausgangsmaterialien, Arzneizube­reitungen und Medizinprodukten charakterisieren, spezifizieren, prü­fen und bewerten zu können.

Bei der Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Arzneimit­telinformation wird Wissen zum Umgang mit Daten und Informationen zur pharmazeutischen, präklinischen und klinischen Entwicklung, zur Prüfung von Arzneimitteln, zur Arz­neimittelsicherheit und Qualitätssi­cherung, zur Arzneimittel­zulassung sowie zur Erarbeitung medizinisch-wissenschaftlicher Informationen vertieft.

Die Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Toxikologie und Ökologie befasst sich mit arzneistofftoxikologischen oder bei­spielsweise umwelttoxikologischen Fragestellungen. Dies umfasst auch Kenntnisse über ökologische Gleich­gewichte.

Durch die Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Theoretische und Praktische Ausbildung wird die Vermittlung von Wissen an pharmazeutisches oder nichtpharmazeutisches Personal oder andere Berufsgruppen, die Kenntnisse über Arzneimittel und Medizinprodukte benötigen, pädagogisch, methodisch und didaktisch verbessert.

Mit der chemischen, biochemischen, physikalischen, immunologischen und mikrobiologischen Untersuchung von biologischem Untersuchungsmaterial befasst sich die Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Klinische Chemie.

Die Weiterbildung zur Fachapotheker*in für Öffent­liches Gesundheitswesen vermittelt Kenntnisse und Fähigkeiten in der Gesundheitsverwaltung. Der Erwerb dieser Gebietsbezeichnung richtet sich deshalb in erster Linie an Apotheker*innen in öffentlichen Verwaltungen, Ministerien oder auch Einrichtungen der Bundeswehr.